In Konohagakure gibt es eine Ninja-Akademie, auf der Naruto von Anfang an der Chaot und Außenseiter ist. Was hauptsächlich daran liegt, dass das Füchsungehäuer Kiubi in ihm versiegelt ist. Denn dieses Ungehäuer griff vor 12 Jahren das Dorf an und kostete vielen Ninjas, wie zum Beispiel dem vierten Hokage (Hokage = stärkster Ninja im Feuerreich), das Leben. (Der vierte Hokage versiegelte den Fuchs auch in Naruto.)
Erst als Iruka, Narutos Klassenlehrer, ihn mit seinem Leben vor Mizuki beschutzt entschließt sich Naruto dazu der nächste Hokage zu werden und allen im Dorf zu beweißen, dass er auch etwas kann! 

Naruto Shippuuden gibt es ja nur in der Serie, in den Mangas geht die Geschichte einfach nach 2 1/2 Jahren weiter. Aber da es eben bei der Serie ein eigenes Kapitel ist schreib ich nochmal zu Naruto Shippuuden eine kleine Inhaltsangabe.
Also am Ende von Naruto zieht Naruto mit Jirayi zu einem langen Training los. Nach 2 1/2 jahren kommen die beiden wieder nach Konoha. Vieles hat sich verändert ... alle Freunde von Naruto sind jetzt schon Chūnin oder etwas besseres! Aber Naruto kann sich nicht lange ausruhen, den der Kaze-Kage (=Gaara) wurde entführt und Naruto will ihm natürlich helfen ...